タグチームルールメニューには「タグイン」オプションがあり、有効にすると、3v3のタグチームモードでキャラクターの入れ替えが可能になります。これにより、試合中にアクティブキャラクターが入れ替え可能な状態であれば、キャラクターを変更することができます。タグインメカニクスは、ヒカリ/ホムラのスワップと視覚的および機能的に同等です。
ノート
これにより、スマブラ6のタッグチームにチーム理論クラフトがもたらされる。特定の状況に置かれたときに有利になるキャラクターや不利になるキャラクターがいるため、フルロースターを輝かせる真のタッグチーム体験となる。